忍者――それは今から非常に古くて古い年代に現れた、影のような存在です。しかし、時代が移り、忍者が忘れ去られても、人々が植えた業の障壁は変わらない。そう、忍者は今もこの世界に存在している。邪悪な勢力に忠誠を尽くす『悪忍』に対抗するため、政府は『国立半蔵学院』という国に属する忍者養成学校を設立した。