懲罰者：最後の漫画、物語は第三次世界大戦後に発生し、核兵器は地表のすべての人類を殺したが、フランクは地下刑務所に閉じ込められたために一難を逃れた。少数の悪人で構成された秘密結社がバンカーの中に隠れて世界を操っていることを知った後も、地表に広がる致命的な放射線を冒して、行くところも帰るところもない正義の道に足を踏み入れた……。