夏月は剣道の旧家?白鳳流宗家の娘で剣道高校生級優勝者。1995年のある朝、日本で阪神大震災が発生した。幼馴染の夏月を救うために傷ついた宮本だったが、それが彼女たちの友情の礎となった。2000年、当時サンフランシス中学校国中部の生徒会幹部たちは高校生だったが、船で卒業旅行をしていたところ、急に空が赤くなり、地震が起こり、仲間たちが江戸時代にやってきた。島原にあたり、天草地方では天災が続発し、民は退屈している。「生きているものなら、神でも殺してみせる！」二つの儀式――『空の境界』。幕府の残虐な支配下で、日本最大の農民蜂起「島原の乱」が勃発する…夏