KKKは超ハイテクを持ち、変人を改造して日本侵略を準備しようとする邪悪な組織だ。この恐怖の集団に対抗するために、日本の自衛隊は特別にヒーローに変身した……それは秘密戦隊MOMOIDERだ！昨年大学を卒業したばかりのさくらんぼは、秘密戦隊の一員でもあるが、免許なしで地下鉄通勤しかできない彼女は遅刻ばかり……。