緋村剣心は幕末に維新派の人斬りで、抜刀斎と呼ばれ、無数の殺人を犯した。新時代には逆刃の刀を使って流浪し、二度と人を殺さないことを志した。東京の神谷道場で薫と仲間たちに出会う。