原作SFロボットアニメ『創聖のアクエリオン』を漫画化した作品で、原作監督は河森正治。12000年前の大戦末に封印されていた人類の天敵「堕天翅族」は、気候の異常変動により復活し、再び人類との戦争を繰り広げた。人類はそれに対抗するために、「創聖の書」に記された、伝説の機械天使「アキエリオン」を遺跡から掘り出した。この兵器を運用する地球再生機構「DEAVA」は、「12000年前には、堕天翼族でありながらヤクエリオンを操って人類を助け、伝説の戦士『太陽の翼』が再現されるだろう」という予言を得た。そんな因縁の中、彼らは謎の少年、「アポロ」と出会う……。