もともと新世界NEUEで平凡な生活を送っていた少年和也?白波は、ある意外な展開から現在はエンジェルチームの隊員の1人となり、新たな戦艦ルークシオールに乗り込む……。そこでかつてエンジェルチーム『メルユー?桜葉』の妹で極端な男性恐怖症のエプリコ?桜葉と出会う。全身ナノで構成された少女、奈々?プリリン。NEUEの世界独特の技術『魔法』を駆使して、2人で1つの体を共有できる魔女のドヒ?マディラムとカルーア?マディラム。以上3名（4名？）新天使チームのメンバーは彼の到着を待っていた。和也と彼女たちはどんな宇宙の歴史を紡ぐのか？…