西暦2040年。高校生の熊沢晶は進学に伴い「武装神姫同好会」に入会するが、神姫の対戦を体験したい彼は自分で神姫を準備しなければならないという厳しい現実に直面している。先輩たちに勧められて店にやってきた晶は、廃品の中に埋もれていたストラフ型の神姫と出会う。神姫の起動に成功すると、晶は彼女に「シュトラフ零（zero）」と名付け、憧れの神姫生活を始める……