天才ハッカーの緋空は、実は青空という17歳の少女だと思っていた。彼女は一人暮らしをしながら自分の両親を探していた。毎週叔母の家に向かう列車の中で1人の青年に出会うことができて、ただ彼らは話をしたことがありません。今回まで彼らが列車の外で会うことを約束したのは、まさに真実を探る旅の幕開けだった……真実には存在しないがすべてを操る謎の組織……彼の消失は、もともと平行だった2つの世界を、ここで交わすことになった。