人間の体内にはさまざまな細胞が充満しており、細胞内には異なる物質があり、人間の細胞内の物質には思想があり、逆に人間を制御することが考えられる。物語は人体内で人間のエネルギーを提供し制御するミトコンドリアで、20万年前にはすでに人体内に寄生することに甘んじず、革命をねらっていた。二十万年後の今日、ミトコンドリアはついに機会を見つけた。日本国立大学の生物学者永島利明（三上博史）が単細胞とDNA複製生物の技術研究に力を入れていることを知っていたので、聖美（葉月里緒菜）を彼と知り合いにし、聖美が彼と結婚した後、わざと聖美を交通事故で死なせた。永島利明は亡き妻を偲び、彼女の肝細胞を抽出して育て、彼女の命を永続させたいと願った。ミトコンドリアはそれによって機会を得て自由に繁雑した。一方、ミトコンドリアも永島利明の精子を取り出し、安斉麻理子（大村彩子）の体内に入れ、彼女の子宮を借りてミトコンドリアからなる新しい異形生物を育んだ。現在ミトコンドリアは人型に変貌し、エネルギーを制御する能力を持ち、人類に攻勢をかけようとしている…