高校生の神名綾人は友人と試験会場に向かう途中、侵略軍航空部隊と防衛軍の戦いに遭遇。破壊された街で、あや人は奇妙な男に誘拐されようとするが、謎の美女?紫東遥に救われる。しかし遥も綾人に銃口を向けた。綾人は混乱の中、遥と共に巨大な神殿へとやってくる。そこで、巨人？翼神世音が待っている……