U。C。0120年、ジュビテリウス級の輸送艦コバヤシ丸が謎のMS部隊に襲撃され、テスト中のGUNDAMF 90試作2号機が奪われた。謎のMS部隊の正体は火星駐留のキオ軍残党で、連邦の操縦士が1号機で追跡した。