母を失い、歩く力も視力も失った少女ナナリーは、最愛の兄ルルーシュを心の支えにして生きていた。しかし、それさえも神聖ブリタニア帝国に奪われてしまった。ルルーシュ死亡！深い絶望と怒りの中、少女未知のギアスが目覚める！ナナリーは復活した！謎のナイトマーレを操り帝国を滅ぼす！