スフィアというシステムによって日常生活が管理されている世界を舞台に、主人公たちがシステムを脅かすSiglosと戦う物語。主人公の和泉朔也はもともと普通の高校生で、授業に遅刻することが多いため同級生の一ノ宮琴音に説教される。両親を亡くしたため、高校生の頃から義妹の和泉燈花と同棲生活を送っていた。